Η Χερσόνησος του Aθω, από της Μεγάλης Βίγλας και εξής, που αποτελεί την περιοχή του Αγίου Όρους, είναι κατά το αρχαίο της προνομιακό καθεστώς αυτοδιοίκητο τμήμα του Ελληνικού κράτους, του οποίου η κυριαρχία παραμένει άθικτη επ' αυτού.

Η διοίκηση του Αγίου Όρους, καθ' όλη τη μακραίωνη ιστορική του πορεία, από τότε δηλαδή που επίσημα οργανώθηκε σε αυτό ο μοναχικός βίος, με την έκδοση του Τυπικού του βυζαντινού αυτοκράτορα Ιωάννη Τσιμισκή το 972, διάταγμα που σήμερα λειτουργεί ως εσωτερικός κανονισμός της Μονής, μέχρι και σήμερα, εξακολουθεί να διέπεται από ένα ιδιόμορφο πολιτικό και εκκλησιαστικό καθεστώς.

Κι αυτό φαίνεται πολύ καθαρά μέσα από τα αυτοκρατορικά χρυσόβουλλα (διατάγματα) και «Τυπικά», τα Πατριαρχικά σιγίλλια (έγγραφα), τα σουλτανικά φιρμάνια, τους «Γενικούς Κανονισμούς» του Οικουμενικού Πατριαρχείου και τη μεταγενέστερη νομοθεσία. Σήμερα, ύστερα από τη Συνθήκη των Σεβρών της 10ης Αυγούστου 1920, που επικυρώθηκε με τη συνθήκη της Λωζάνης της 24ης Ιουλίου 1923, το Αγιο Ορος υπάγεται στην κυριαρχία της Ελλάδος.

Κατά το άρθρο 105 Συντάγματος «Το Aγιον Oρος διοικείται κατά το καθεστώς αυτού υπό των 20 Ιερών Μονών του, μεταξύ των οποίων είναι κατανεμημένη ολόκληρος η χερσόνησος του Αθω το έδαφος της οποίας είναι αναπαλλοτρίωτο.». Από τη συνταγματική αυτή διάταξη καθιερώνονται οι εξής 2 αρχές :

1. Το έδαφος του Αγίου Όρους ανήκει κατά κυριότητα στις Μονές.

2. Το έδαφος του Αγίου Όρους είναι αναπαλλοτρίωτο, δηλαδή η εκποίηση κτημάτων εντός του Αγίου Όρους επ'ουδενί λόγο επιτρέπεται, και μόνον η ανταλλαγή τους είναι δυνατή.

Από το σύνολο των διατάξεων του άρθρου 105 του Συντάγματος προκύπτουν επίσης και οι εξής αρχές :

1. Απαγορεύεται πάσα μεταβολή του διοικητικού συστήματος των Μονών.

2. Απαγορεύεται πάσα μεταβολή του αριθμού των Μονών.

3. Απαγορεύεται πάσα μεταβολή της ιεραρχικής τάξεως των Μονών.

4. Απαγορεύεται η μεταβολή της θέσεως των Μονών ως προς τα εξαρτήματα.

Οι 20 μονές του Αγίου Όρους, κατά ιεραρχική αμετάβλητη τάξη, η οποία δεν μπορεί να αυξομειωθεί είναι :

1. της Μεγίστης Λαύρας, που ιδρύθηκε το 963

2. του Βατοπεδίου, που ιδρύθηκε το 972

3. των Ιβήρων, που ιδρύθηκε το 972

4. του Χιλανδαρίου, που ιδρύθηκε το 1197

5. του Διονυσίου, που ιδρύθηκε το 1375

6. του Κουτλουμουσίου, που ιδρύθηκε το 12° αιώνα

7. του Παντοκράτορος, που ιδρύθηκε το 1363

8. του Ξηροποτάμου, που ιδρύθηκε το 970

9. του Ζωγράφου, που ιδρύθηκε γύρω στο 973

10. του Δοχειαρίου, που ιδρύθηκε γύρω στο 970

11. του Καρακάλλου που ιδρύθηκε στις αρχές του 11ου αιώνα

12. του Φιλοθέου, που ιδρύθηκε γύρω στα τέλη του 10ου αιώνα

13. της Σίμωνος Πέτρας, που ιδρύθηκε το πρώτο μισό του 14ου αιώνα

14. του Αγίου Παύλου, που ιδρύθηκε το δεύτερο μισό του 10ου αιώνα

15. του Σταυρονικήτα από το 1541

16. του Ξενοφώντος, που ιδρύθηκε στα τέλη του 10ου αιώνα

17. του Γρηγορίου, που ιδρύθηκε πριν από τα μέσα του 14ου αιώνα

18. του Εσφιγμένου, που ιδρύθηκε στα τέλη του 10ου αιώνα

19. του Ρωσικού (Παντελεήμονος), που ιδρύθηκε το 10ο αιώνα και

20. του Κωνσταμονίτου που ιδρύθηκε τον 11ο αιώνα

Οι Μονές αυτές παλαιότερα διακρίνονταν σε κοινόβιες και ιδιόρρυθμες, ανάλογα με τον τρόπο της οργάνωσης και της διοίκησής τους. Σήμερα εξακολουθούν όχι μόνον να αυτοδιοικούνται, να διοικούνται δηλαδή σύμφωνα με τα όσα ορίζει ο Εσωτερικός τους Κανονισμός, ο οποίος ψηφίζεται από τις ίδιες και εγκρίνεται από την Ιερή Κοινότητα που τις εποπτεύει, αλλά και να διαχειρίζονται μόνες τους τις περιουσίες τους. Σήμερα όλες ανεξαιρέτως οι Μονές του Αγίου Όρους είναι κοινόβιες.

Εκτός των 20 μονών υπάρχουν και τα εξαρτήματά τους, τα οποία διακρίνονται σε σκήτες, οι οποίες είναι σύνολα καλυβών ή και μικρότερων ακόμη οικημάτων όπως τα καθίσματα, τα ησυχαστήρια, τα ερημητήρια και οι εγκλείστρες. Οι σκήτες είναι 12 και διακρίνονται σε κοινόβιες και ιδιόρυθμες.

Διακρίνονται επίσης σε κελιά, ένα είδος, δηλαδή, μοναστικών αγροτικών οικημάτων, όπου σε κάθε ένα από αυτά ασκείται ένας μοναχός που καλείται γέροντας και είναι εξοικειωμένος με τη μοναστική ζωή, γιατί ασκήθηκε ως αδελφός στην Κυρίαρχη Μονή, τον οποίο συνήθως ακολουθούν 2 ακόμη μοναχοί, ή και 3 δόκιμοι μοναχοί ή υποτακτικοί.

Τέλος, οι καλύβες, τα ησυχαστήρια, τα καθίσματα, τα ερημητήρια και οι εγκλείστρες είναι τόποι ιεροί των Κυρίαρχων Μονών, στους οποίους ασκείται συνήθως ένας μοναχός, ο οποίος ζει από τα ελέη των Μονών και τους καρπούς της γης.

Εξ απόψεως πνευματικής, το Αγιον Όρος τελεί υπό την άμεση δικαιοδοσία του Οικουμενικού Πατριαρχείου και όχι της Ελληνικής Εκκλησίας. Τα όργανα του Αγίου Όρους δεν είναι όργανα κρατικής διοικήσεως, ούτε όργανα αυτοδιοικούμενου καθ' ύλην οργανισμού, αλλά όργανα τοπικής αυτοδιοίκησης, αιρετά και όχι διοριζόμενα, χωριζόμενα σε μονοπρόσωπα και συλλογικά.

Στα μονοπρόσωπα διοικητικά όργανα των Μονών και των Εξαρτημάτων τους υπάγονται :

1. O Ηγούμενος για τις Μονές, ο οποίος, ως πνευματικός πατέρας, ασκεί μόνος του την πνευματική εξουσία πάνω στους αδελφούς της Μονής. Κατά την άσκηση της διοικητικής του εξουσίας οφείλει, πάντως, να συνεργάζεται στενά με την Επιτροπή.

2. Ο Δικαίος για τις σκήτες, ένας από τους Γέροντες των καλυβών που να διακρίνεται για την αρετή του και τη διοικητική του ικανότητα. Εκλέγεται από τους Γέροντες των Μονών κάθε Μάιο και η θητεία του είναι ετήσια. Τα καθήκοντά του είναι να κατοικεί στο οίκημα, να φροντίζει για την εσωτερική τάξη της Σκήτης και για τις ακολουθίες στο ναό.

Στα συλλογικά διοικητικά όργανα των Μονών και των εξαρτημάτων τους υπάγονται :

Η Επιτροπή και η Γεροντία για τις Κυρίαρχες Μονές και οι Σύμβουλοι και η Σύναξη των Γερόντων για τις Σκήτες.

Η Επιτροπή αποτελείται από δύο ή τρία μέλη τα οποία προέρχονται από τη Γεροντία, η θητεία των οποίων είναι ετήσια και εκλέγονται από τη Γεροντία. Η Επιτροπή συνεργάζεται πάντοτε με τον Ηγούμενο που είναι πρόεδρός της και ασκούν μαζί με τη διοίκηση και τη διαχείριση της Μονής. Όσοι εκλεγούν σαν μέλη της Γεροντίας είναι ισόβιοι εκτός αν εκπέσουν από το αξίωμά τους εξαιτίας καταδικαστικής αποφάσεως. Σε περίπτωση που ο Ηγούμενος ύστερα από την πρώτη και τη δεύτερη παρατήρηση της Γεροντίας εξακολουθεί να μη συμμορφώνεται τότε παύεται αν το θελήσουν τα 2/3 των μελών της Γεροντίας. Διαφορετικά προκαλείται η Ιερή Κοινότητα για να λύσει τη διαφορά, ως Ανώτατη Αρχή, η οποία εποπτεύει για τη πιστή τήρηση του Καταστατικού Χάρτη του Αγίου Όρους.

Οι Σύμβουλοι σε κάθε Σκήτη είναι 2 ως 4. Οι μισοί εκλέγονται όπως και ο Δίκαιος και οι άλλοι μισοί από την Κυρίαρχη Μονή. Ο Δίκαιος και οι Σύμβουλοι οφείλουν να συνεργάζονται για να προασπίσουν τα συμφέροντα της Σκήτης τους.

Τέλος, στα γενικά διοικητικά όργανα του Αγίου Όρους υπάγονται η Ιερή Κοινότητα, η Ιερή Επιστασία και η Έκτακτη Εικοσαμελής Σύναξη.

Η Ιερή Κοινότητα του Αγίου Όρους, η οποία εδρεύει στις Καρυές, είναι σώμα διαρκές, που αποτελείται από τους 20 αντιπροσώπους των ισάριθμων Κυριαρχικών Μονών του Αγίου Όρους. Αυτοί εκλέγονται ο καθένας από τη Μονή που προέρχεται σύμφωνα με τον εσωτερικό κανονισμό της Μονής του, μέσα στο 1ο 15θήμερο του μηνός Ιανουαρίου κάθε έτους.

Η Ιερή Επιστασία αντιπροσωπεύει την εκτελεστική εξουσία της Ιερής Κοινότητας και αποτελείται από 4 μέλη. Γι' αυτό και οι είκοσι Ιερές Μονές διαιρούνται σε 5 τετράδες, κάθε μια από τις οποίες ασκεί την Ιερή Επιστασία για 1 χρόνο ανά πενταετία (από την 1η Ιουνίου μέχρι τέλος Μαΐου).

Προς τούτο αποστέλλεται κάθε έτος από κάθε Μονή καθεμιάς τετράδας ένας Επιστάτης, που έχει τα ίδια προσόντα με εκείνα των αντιπροσώπων των Μονών. Ο Επιστάτης της πρώτης στην τάξη Μονής καλείται Πρωτεπιστάτης, είναι ο Πρόεδρος της Ιερής Επιστασίας και ως σύμβολο της εξουσίας του κρατάει τη ράβδο του Πρώτεπιστάτη.

Οι 5 τετράδες που προαναφέρθηκαν είναι οι εξής :

Α' Τετράς : Μεγίστης Λαύρας, Δοχειαρίου, Ξενοφώντος και Εσφιγμένου

Β' Τετράς : Βατοπεδίου, Κουτλουμουσίου, Καρακάλλου και Σταυρονικήτα

Γ' Τετράς : Ιβήρων, Παντοκράτορος, Φιλοθέου και Σίμωνος Πέτρας

Δ' Τετράς : Χιλανδαρίου, Ξηροποτάμου, Αγίου Παύλου και Γρηγορίου

Ε' Τετράς : Διονυσίου, Ζωγράφου, Ρωσικού και Κωνσταμονίτου

Οι Επιστάτες μένουν μονίμως στις Καρυές και απουσιάζουν εναλλάξ κατά ιεραρχική τάξη. Ο Πρωτεπιστάτης όμως δεν μπορεί να απομακρυνθεί από την έδρα του, παρά μόνο συνοδευόμενος από ολόκληρη την Ιερά Κοινότητα. Οι αποφάσεις λαμβάνονται κατά πλειοψηφία και σε περίπτωση ισοψηφίας υποβάλλεται η υπόθεση στην κρίση και απόφαση της Ιερής Κοινότητας.

Η Έκτακτη Εικοσαμελής Σύναξη αποτελείται από τους Ηγούμενους και τους Προϊσταμένους των 20 Ιερών Μονών, η οποία συνέρχεται αυτοδικαίως 2 φορές το χρόνο και αποτελεί το ανώτατο νομοθετικό και δικαστικό σώμα στο Αγιο Όρος. Τέλος, στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, ως ανώτατο δικαστήριο υπάγονται όλες οι πνευματικές υποθέσεις. Επίσης, το Οικουμενικό Πατριαρχείο εγκρίνει τις Κανονιστικές διατάξεις που έχουν πνευματικό χαρακτήρα και ψηφίζονται από την Έκτακτη Εικοσαμελή Σύναξη.

Οι εξουσίες του κράτους ασκούνται από διοικητή ο οποίος διορίζεται από το Υπουργείο Εξωτερικών και διαμένει στις Καρυές.

Με τον τρόπο αυτό της οργάνωσης και διοίκησης του Αγίου Όρους, διαφυλάσσεται με κάθε ακρίβεια η ησυχία, η υπομονή, η υπακοή, η ταπεινοφροσύνη και γενικά η τάξη και η πειθαρχία που πρέπει να επικρατεί στο Αγιο Ορος.